В стандартных оснастках параметров не нашёл, выкрутился сценарием на вход юзера в систему (Конфигурация пользователя->Конфигурация Windows->Сценарии (вход/выход из системы)->Вход в систему):
reg add "HKCU\Keyboard Layout\Preload" /v 1 /t REG_SZ /d 00000419 /f
reg add "HKCU\Keyboard Layout\Preload" /v 2 /t REG_SZ /d 00000409 /f
00000419 - Русский, 00000409 - Английский
Можно нарулить и способ переключения раскладки через:
reg add "HKCU\Keyboard Layout\Toggle" /v Hotkey /t REG_SZ /d 1 /f
Цифры в параметре /d означают: 1 - Alt+Shift, 2 - Ctrl+Shift
Если хочется выбрать раскладку и способ её переключения при входе в систему, то нужно добавить писать аналогичные параметры в ветку HKU\.DEFAULT\Keyboard Layout и вызывать из сценариев загрузки компьютера (Конфигурация компьютера->Конфигурация Windows->Сценарии (запуск/завершение->Автозагрузка).
